L’Inde se bat pour garder le rythme avec les variantes du coronavirus

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L'Inde se bat pour garder le rythme avec les variantes du coronavirus



Les laboratoires indiens ont du mal à suivre une poussée punitive de Covid-19, alors que ses scientifiques tentent de suivre et de comprendre les nouvelles mutations de coronavirus.

Lundi, l’Organisation mondiale de la santé a classé une variante identifiée pour la première fois en Inde, connue sous le nom de B.1.617, comme une «variante préoccupante», affirmant que des études préliminaires suggéraient qu’elle pourrait être plus contagieuse que d’autres variantes. Les scientifiques de l’OMS n’ont rapporté aucune preuve que les vaccins ne sont pas efficaces contre la nouvelle variante.

L’Inde est en train de renforcer sa capacité à effectuer le séquençage génomique pour suivre les changements dans la constitution génétique du virus en examinant des échantillons de test positifs. Pourtant, l’effort en Inde, qui fait face à la pire épidémie actuelle de Covid-19 au monde, ne représente qu’une fraction de l’échelle du séquençage génomique effectué au Royaume-Uni.

L’Inde a suspendu la distribution de vaccins dans d’autres pays alors que le pays se bat contre la poussée de Covid-19 à la croissance la plus rapide au monde. Le retard de distribution entrave l’effort mondial de vaccination. Illustration photo: Laura Kammermann

Mardi, le gouvernement indien a signalé 3 876 décès supplémentaires au cours des dernières 24 heures, portant le bilan à près de 250 000 décès, avec près de 330 000 nouveaux cas ajoutés chaque jour. Le nombre de cas a grimpé jusqu’à 400 000 ces derniers jours.

Dix laboratoires en Inde travaillent sur le séquençage, avec une capacité combinée de traiter 1 000 échantillons par jour. «Les laboratoires ont fait un travail fantastique pour relever le défi», a déclaré Shahid Jameel, un virologue qui est à la tête du comité consultatif scientifique pour l’effort de séquençage national de l’Inde.

Mais la montée en puissance a rendu plus difficile pour les laboratoires de faire le travail de séquençage. De nombreux membres du personnel sont malades, s’occupent de membres de leur famille malades ou se mettent en quarantaine en raison d’une éventuelle exposition. Les verrouillages compliquent l’accès du personnel aux laboratoires. Les fournitures telles que les réactifs nécessaires aux travaux de séquençage sont rares, tandis que l’obtention des échantillons des États indiens est un défi logistique, ont déclaré des scientifiques.

Ravi Vasanthapuram, virologue à l’Institut national de la santé mentale et des neurosciences de Bangalore, qui fait partie du réseau de séquençage, a déclaré que seulement 40% du personnel de son laboratoire était en mesure de travailler sur le séquençage maintenant. Les autres sont en panne avec Covid-19 ou mis en quarantaine après exposition.

«L’Inde est nouvelle dans le séquençage. Ce n’est que le mois dernier que la capacité atteint son plein niveau. Il y a beaucoup de contraintes en termes de main-d’œuvre et de réactifs, qui sont en train d’être réglées », a déclaré le Dr Vasanthapuram.

L’Inde séquençait bien moins de 1% des échantillons positifs quotidiens. Un objectif initial était de viser 5% des cas, mais cela est devenu irréaliste une fois les cas gonflés. Le leader mondial, le Royaume-Uni, a séquencé jusqu’à 10% des échantillons aux points de la pandémie.

Saumitra Das, directeur de l’Institut national de génomique biomédicale, basé près de Kolkata dans l’est de l’Inde, qui gère les travaux de séquençage au niveau national, a déclaré qu’il était en pourparlers pour ajouter plus de laboratoires pour intensifier les travaux. Il a déclaré que la variante B.1.617 dépasse les autres variantes, y compris la variante identifiée pour la première fois au Royaume-Uni.

Une salle de vaccination Covid-19 à Prayagraj, en Inde, mardi.


Photo:

Prabhat Kumar Verma / Zuma Press

Ces derniers mois en Inde, les changements dans le virus se sont ajoutés à un mélange volatil de comportements humains à risque, alors que le pays a baissé sa garde, disent des experts de la santé publique. À mesure que le nombre de virus a chuté, certaines personnes ont cessé de porter des masques et de prendre de la distance sociale, et de grands événements tels que des festivals religieux et des rassemblements électoraux se sont déroulés.

«Des événements super-propagateurs se sont allumés comme des étincelles, conduisant à un grand incendie. Cela pourrait être une foule à l’intérieur sans comportement approprié à Covid, des rassemblements, toutes ces choses s’additionnaient », a déclaré le Dr Vasanthapuram. «Sur ce chaudron, vous déposez un mutant. Naturellement, cela augmentera la transmission dans la communauté.

Les mêmes événements de super-épandage qui ont contribué à la poussée ont également aidé davantage de variantes infectieuses à évoluer et à se diffuser dans la population, a déclaré le Dr Jameel.

La variante B.1.617 a été détectée pour la première fois dans l’État indien occidental du Maharashtra en octobre. Le gouvernement a annoncé sa présence fin mars, mais a déclaré à l’époque qu’il n’y avait pas suffisamment de données pour montrer qu’il était à l’origine de la flambée des cas. À l’époque, le gouvernement avait déclaré qu’il y avait quelque 771 variantes en circulation, y compris la variante B.1.1.7 identifiée au Royaume-Uni. Contrairement à la première vague, le gouvernement était réticent à imposer des mesures de verrouillage qui restreignaient l’activité économique à l’échelle nationale.

La variante B.1.617 a maintenant été trouvée dans plus de 30 pays, selon l’OMS, dont les États-Unis, le Royaume-Uni, la France et le Japon.

B.1.617 est le quatrième à être classé par l’OMS comme une variante préoccupante. L’agence des Nations Unies a également donné la même désignation à la variante B.1.1.7, la variante B.1.35 trouvée en Afrique du Sud et la variante P.1 découverte par des chercheurs au Brésil.

Des recherches récentes sur la variante B.1.617 – qui n’ont pas encore été revues par des pairs et publiées – ont montré qu’elle avait réussi à infecter le personnel entièrement vacciné d’un hôpital de New Delhi, même si aucun d’entre eux n’est tombé gravement malade. Un article distinct, également disponible avant la publication, a révélé que la variante montrait une évasion contre un cocktail de médicaments souvent utilisé chez les patients Covid-19 et qu’elle avait une meilleure entrée dans certaines lignées cellulaires, principalement dans les poumons et l’intestin. Le papier a également trouvé la variante «les anticorps éludés induits par l’infection ou la vaccination, bien qu’avec une efficacité modérée».

Des modèles épidémiologiques indépendants prévoient un pic dans la deuxième vague de l’Inde vers le milieu de ce mois. L’Inde tente maintenant d’augmenter les vaccinations, certains États ont imposé des verrouillages et une grande partie du public a recommencé à prendre des précautions en cas de pandémie. Mais le bilan sera pénible pour les mois à venir, disent les experts.

«L’épidémie explosive en Inde nous a tous pris par surprise», a déclaré Christopher Murray, directeur de l’Institute for Health Metrics and Evaluation à Seattle. «Les vaccins ne vont pas arrêter le terrible nombre de morts au mois de mai. Cela n’arrivera tout simplement pas assez tôt.

La tâche des scientifiques indiens de séquençage d’échantillons de virus est d’empêcher une nouvelle mutation d’alimenter de nouvelles poussées. Au-delà de cela, le séquençage est important pour la mise à jour des vaccins.

«Nous ne savons pas quelle sera la prochaine variante. Le séquençage doit se poursuivre », a déclaré M. Das, qui gère le travail de séquençage national de l’Inde.

Écrire à Saeed Shah à [email protected]

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