Avec une surveillance limitée de la variante Covid-19, c’est encore une fois du déjà vu

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UNELes responsables de la santé aux États-Unis ont annoncé une deuxième et peut-être une troisième personne infectée par une nouvelle souche plus transmissible du virus SRAS-CoV-2, les experts en maladies infectieuses ressentent à nouveau un sentiment de déjà-vu.

Il y a un peu moins d’un an, la réponse précoce à la crise des coronavirus a été étouffée par une incapacité à intensifier les tests pour détecter le virus et enrayer sa propagation. Maintenant, une fois de plus, on ne sait pas à quel point la nouvelle souche, qui a fait surface pour la première fois au Royaume-Uni, pourrait être aux États-Unis. Déjà un cas possible et probable a été détecté au Colorado et un cas a été signalé en Californie. Mais il est probable que la propagation de la variante ne se soit pas arrêtée là.

«Cela ressemble beaucoup à la période entre le 19 janvier environ, lorsque nous avons eu ce premier cas dans la région de Seattle et six semaines plus tard, quand tout à coup, il semble que nous ayons une transmission communautaire en Californie et à Seattle et qui sait où d’autre », a déclaré Michael Worobey, professeur de biologie évolutionniste à l’Université de l’Arizona. « Il a ce sentiment. »

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Trevor Bedford, biologiste informatique au Fred Hutchinson Cancer Research Institute, a déclaré à STAT qu’il ne croyait pas que la nouvelle variante, appelée B.1.1.7, soit encore répandue. Il existe 250 séquences génétiques de virus du SRAS-2 provenant de cas de décembre aux États-Unis qui ont été enregistrées dans une base de données internationale de partage de virus connue sous le nom de GISAID; il n’y a pas de B.1.1.7 parmi eux, a déclaré Bedford. Mais il pense que ce n’est peut-être qu’une question de temps.

«La façon dont j’ai imaginé ce travail est… très similaire à celle de janvier, février», dit-il. «Il y a des événements d’ensemencement qui se sont produits dans tout le pays. Certains ont pris, d’autres pas.… Et vous pouvez imaginer que cela devrait être plus susceptible d’être dans des endroits comme New York et Boston avec de bonnes liaisons de voyage vers Londres, mais il aurait pu être ramassé un peu par hasard ailleurs.

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Worobey a convenu que la nouvelle variante se propage probablement déjà dans un certain nombre de régions du pays, voyageant sous le radar parce que les États-Unis ne font pas assez de séquençage des virus du SRAS-2.

«Nous sommes un peu en retard sur la balle huit en termes de séquençage génomique, à la fois en termes de nombres absolus et de la sorte de délai entre l’échantillonnage et la diffusion des séquences, par rapport au Royaume-Uni», a déclaré Worobey. Il a averti que si les États-Unis ne trouvent pas les cas et que leur propagation est lente, ils verront probablement le même type de diffusion rapide de la variante que le Royaume-Uni a vu.

La nouvelle variante arbore un nombre inhabituel de mutations, dont certaines semblent modifier le comportement du virus. Il semble être beaucoup plus transmissible, augmentant le taux auquel les personnes infectées infectent les autres.

Il n’y a aucune preuve à ce jour que la variante déclenche une maladie plus grave. Mais les hôpitaux s’efforcent de traiter les patients Covid tels quels; davantage d’infections pourraient entraîner un taux de mortalité plus élevé, en raison d’une qualité moindre des soins.

«Le taux de mortalité des cas augmente si les systèmes de soins de santé sont débordés», a déclaré Nahid Bhadelia, directeur médical de l’unité des agents pathogènes spéciaux au Boston Medical Center. «C’est comme ça que ça marche.»

Des efforts sont en cours pour essayer de comprendre dans quelle mesure la nouvelle variante se propage – l’un d’entre eux dirigé par le laboratoire de Worobey. Son équipe tente de mettre au point un test qui pourrait être utilisé pour tester des variantes de virus dans les eaux usées des réseaux d’égouts communautaires. Si le test fonctionne, a-t-il déclaré, le laboratoire expédiera du matériel de test à d’autres laboratoires, testera des échantillons dans son propre laboratoire ou partagera la recette pour fabriquer les amorces et les sondes pour que le test soit largement utilisé.

«Je pense que les eaux usées seront le meilleur moyen à très court terme d’obtenir une meilleure gestion plutôt que d’attendre un laboratoire étrange comme le Colorado qui rencontre l’un de ces derniers dans un échantillon de patient individuel», a déclaré Worobey.

Les Centers for Disease Control and Prevention intensifient également leurs efforts pour augmenter le séquençage des virus du SRAS-2, ont déclaré mercredi des responsables.

Gregory Armstrong, qui dirige l’équipe des CDC surveillant les variantes du virus, a déclaré que le système national de surveillance des souches du SRAS-CoV-2, qui a été lancé en novembre, est en train de se développer pour pouvoir traiter 750 échantillons soumis par les États pour séquençage et étude chaque semaine . Le CDC travaille également avec des laboratoires nationaux de référence dans le pays, fournissant un financement pour le séquençage de plusieurs fois plus de virus. L’espoir est d’arriver à environ 3 500 par semaine, a noté Armstrong.

Il a déclaré que les experts du CDC et d’ailleurs ne croient pas que les mutations contenues dans B.1.1.7 porteront gravement atteinte à la protection générée par les vaccins Covid en cours d’utilisation ou en production. «Cela peut avoir un petit impact. Mais gardez à l’esprit qu’il est probable que la quantité d’immunité induite soit par une infection naturelle soit par la vaccination soit suffisamment importante pour qu’une légère diminution [antibody] le titre peut ne pas avoir d’effet notable du tout », a déclaré Armstrong.

Mais Bedford a déclaré que l’utilisation accrue du vaccin exercera une pression supplémentaire sur les virus du SRAS-2 pour qu’ils muteront pour essayer d’échapper à la protection déclenchée par le vaccin.

«C’est encore plus un argument d’essayer d’obtenir plus rapidement l’immunité collective et de réduire la transmission par la vaccination», a-t-il déclaré. «Plus vite nous pouvons faire vacciner suffisamment de personnes, mieux nous pourrons empêcher cette variante et d’autres futurs mutants de se propager.»

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